Родился Иеросхимонах Иоанн (Федоров) в 1670 г. (или в 1669) в с. Красное Арзамаского уезда. Отец его был церковнослужитель. В миру звали Иван Федоров. В 19 лет поступил в число братии Арзамасского Введенского монастыря, где в 1689 г. пострижен в монашество с именем Исаакий, а через три года (1672 г.) посвящен в иеромонахи и назначен служить в Темниковский Санаксарский монастырь (У Авеля указан просто Темниковский монастырь), который посещал редко, так как жизнь в этом монастыре не удовлетворяла высокие стремления отца Исаакия. В Темниковском монастыре он бывал лишь, когда исполнял священническую чреду.
Несколько лет провел в глубоком уединении отец Исаакий в Саровской пустыни. Слава о нем стала распространяться повсюду и привлекать посетителей, желавших поучится у отшельника святой жизни. Многие навсегда оставались в пустыни и, таким образом, стало образовываться нечто вроде монашеской общины. Земля между речками Сатисом и Саровом принадлежала князю Кугушеву, проживавшему около г. Кадома. Иеромонах Исаакий явился к нему с просьбой пожертвовать эту землю для строительства храма и будущей обители, на что получил согласие князя и крепостной акт на землю, который и представил митрополиту Рязанскому Стефану, с просьбой о дозволении устроить в Саровской пустыни церковь. Просьба эта была улажена. Церковь во имя иконы Божией Матери Живоносный Источник была построена и освящена 16 июня 1706 г. Эта дата стала считаться днем основания Саровской пустыни.
Отец Исаакий устроил пустынь на началах строгого общежития и написал первый устав пустыни. Для новоустроенной пустыни бывая часто в Москве основатель ее нашел богатых благотворителей в числе которых состояли князь В. В. Долгорукий, граф Матвеев, князь Одоевский. Кроме того, выхлопотал у царицы Анны Иоанновны земельные и лесные угодия для обеспечения обители (указ об этом от 25 октября 1730 г.).
Прославился основатель и на ниве миссионерской, особенно в своей просветительской деятельности против раскольников. Еще в 1700 г. на мельнице у р. Сатис, недалеко от отца Исаакия поселился беглец из заволжских скитов, закоренелый раскольник Иван Карелин. С кротостью и любовью отец Исаакий вступил с ним в прения и несмотря на ругательства фанатика продолжал свое дело проповеди. Приглашенный однажды мельником побыть на мельнице во время отсутствия его, основатель всю ночь беседовал с Карелиным и сумел его убедить отстать от раскольничества. Иван Карелин был присоединен к православию и стал первым пострижеником Саровской пустыни с именем Ириней. От Ивана старец Исаакий узнал о Керженских старообрядческих скитах. В том же году он повстречал керженскую монахиню Меланию, его беседа произвела на нее такое благоприятное впечатление, что она предложила ему переселиться к ним, а вскоре она познакомила его с главными учителями заволжских скитов Ионой и бельцом Иваном Дмитриевым. На вопрос их «какую веру он содержит» отец Исаакий ответил уклоничиво, что служит по старым книгам, чем еще больше привлек к себе внимание раскольников. Дважды посылали керженцы к Исаакию с просьбой посетить их скиты, но тот всякий раз отказывался. Наконец, в 1703 г. прибыл в Арзамас один из учителей керженцев отец Филарет, привезя с собой «целую кошницу» раскольничьих книг. В результате трехдневной беседы Филарет отказался от своих заблуждений и объявил о присоединении к православию. Отец Исаакий заверил Филарета, что он может служить по старым книгам. Вернувшись в скит Филарет произвел смуту в среде раскольников. Общины их разделились: одни стояли за присоединение, другие за старую веру. В 1705 г. Филарет отправился на Макарьевскую ярмарку и сообщил отцу Исаакию, чтобы он прибыл к ним исповедовать всех новообращенных. Основатель, побывав в Москве выхлопотал там разрешение на строительство церкви в скиту, затем сам посетил Керженец, где многих присоединил к православию. Обремененный делами по Саровской пустыни, отец Исаакий передал новообращенных иеромонаху Питириму строителю Николаевского монастыря в Переяславле-Залесском (в будущем иеромонах стал архиепископом Нижегородским и прославился на ниве борьбы с расколом), он и заложил в 1706 г. церковь в Керженском скиту.
Будучи в 1715 г. в Москве отец Исаакий тяжко заболел и думал, что это знак близкой его кончины. Он призвал к себе строителя Красногорской пустыни иеромонаха Матвея, также проживающего в то время в Москве и тот постриг его 13 марта 1716 г. в схиму с именем Иоанн. После принятия схимы отец Иоанн выздоровел и приняв это за знак свыше удалился от управления обителью, чем привел в замешательство всю братию. Те вынуждены были обратиться к митрополиту Стефану, чтобы тот своей властью первосвятителя повелел Иоанну вернуться к своим обязанностям. И в том же году последовала грамота, повелевающая отцу Иоанну быть строителем обители и руководителем братии. Епископскому повелению основатель подчинился, однако силы физические его уже оставляли и в 1731 г. он выбрал себе в приемники одного из первых своих пострижеников иеромонаха Дорофея.
В 1733 г. по ложному доносу на Саровскую пустынь пало подозрение в связи ее иноков с неким Радышевским и она подверглась опале. В 1724 г. по распоряжению тайной канцелярии иеросхимонах Иоанн был арестован и отправлен в Петербург. Рассказывают, что когда прибыли в пустынь солдаты арестовывать первоначальника, его не было в обители. Он по монастырским надобностям отлучился в Темников. Возвращаясь оттуда, на дороге встретила его военная команда и привела в Саров, но в монастырь не впустила и не дозволили иметь общение с братией. Все монашествующие с настоятелем отцом Дорофеем вышли за ворота монастырские, вышел к ним окруженный стражей и отец Иоанн, и простился сотворив по три земных поклона – без слов.
Умер основатель пустыни в Петербурге, в крепости, не вынеся тяжести заключения в 1737 г. Память его совершается 4 июля.